Die Eisenbibliothek ist seit 1948 eine Stiftung und wird ausschliesslich von der Georg Fischer AG getragen.

Die Organisation der Bibliothek besteht aus einem Stiftungsrat, einem Stiftungsvorstand und den Länderdelegierten.

Der Stiftungsrat setzt sich aus Personen der Wirtschaft, Wissenschaft und Forschung (Schweiz, Österreich und Deutschland) zusammen. Dazu gehören Vertreter verschiedener Unternehmen, aber auch Vertreter von Universitäten, Bibliotheken, Forschungsinstituten sowie Mitarbeiter der Georg Fischer AG. Als Stiftungsratspräsident amtet jeweils der CEO der Georg Fischer AG.

Dem Vorstand der Stiftung Eisenbibliothek gehört je ein Vertreter der Unternehmensgruppen der Georg Fischer AG an. Vorsitzender dieses Gremiums, zu dessen Aufgaben die Finanzüberwachung gehört, ist Dr. Stephan Wittmann.

Ein wichtiger Bestandteil der Organisation der Stiftung Eisenbibliothek ist die Tätigkeit der Länderdelegierten. Diese sind im Wesentlichen für die inhaltliche Gestaltung der jährlichen Technikgeschichtlichen Tagung verantwortlich. Um eine internationale Ausrichtung der Tagung zu gewährleisten, kommen sie jeweils aus den Ländern Schweiz, Deutschland und Österreich und sind in der jeweiligen nationalen Forschungslandschaft verankert. Die Länderdelegierten engagieren sich ehrenamtlich. Zur Zeit sind die Länderdelegierten: Kilian T. Elsasser (Museumsfabrik, Luzern), Dr. Helmut Lackner (stellv. Direktor Technisches Museum, Wien) und Prof. Dr. Friedrich Steinle (TU Berlin).

Die Geschäftsführung ist in allen Gremien vertreten.